ピーククラスタが完了しベースラインが見つかったら、インテグレータはベースライン割り当てアルゴリズムを要求し、ペグとスレッドの技術を用いてベースラインを割り当てます。台形面積と比例的な高さの補正を用いて、可能な最も低いベースラインをノーマライズして維持します。ベースライン割り当てアルゴリズムには、計算を最適化するためにインテグレータにより使用される、検出器とアプリケーションを同定するメソッドとデータファイルからのパラメータも含まれています。
最も単純な場合、インテグレータは、ベースラインを次のものを結ぶ線分として設定します。
ベースラインの開始
ピークの開始、谷、終了ポイント
ピークベースライン
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