Após qualquer pico cluster estar completo e a linha de base ser encontrada, o integrador solicita o algoritmo de alocação da linha de base para alocar a linha de base utilizando a técnica "pegs-and-thread". Ela utiliza as correções da área trapezoidal e altura proporcional para normalizar e manter a linha de base o mais baixo possível. As entradas para o algoritmo de alocação da linha de base também incluem os parâmetros do método e dos arquivos de dados que identificam o detector e o aplicativo que o integrador utiliza para otimizar o seu cálculo.
No caso mais simples, o integrador constrói a linha de base como uma série de segmentos de linha reta entre:
o início da linha de base,
início do pico, vale, pontos finais,
a linha de base do pico.
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