Compostos não calibrados podem ser quantificados com um fator de resposta fixo ou usando os dados de calibração de um dos compostos calibrados. A quantificação utilizando um fator de resposta fixo ou dados de compostos calibrados é específica para um sinal. Em último caso, se o composto calibrado for quantificado por um método ISTD, o ISTD será usado para os picos não identificados da mesma forma que para o composto calibrado.