Durante o processo do JetClean, é introduzida uma pequena quantidade de hidrogênio no volume de íons da fonte de íons enquanto o filamento está emitindo elétrons: são criadas espécies de hidrogênio reativo. Sempre que esse processo é executado, a contaminação é removida da fonte de íons, dependendo das condições e da natureza da contaminação. Consequentemente:
Contudo, ao longo do tempo, apesar do processo JetClean, contaminantes menos reativos podem acumular na óptica da fonte de íons e a fonte terá de ser limpa manualmente. Por meio de aplicação cuidadosa do processo e uso dos parâmetros para JetClean, este processo manual pode se tornar muito menos frequente.