É comum ver picos de solventes de limpeza nos espectros de massa logo após a fonte de íons ser limpa. Para evitar isso, seque todas as peças de metal limpas no forno do GC antes de as montar e instalar novamente. Use uma temperatura acima do ponto de ebulição do solvente, mas abaixo do limite da coluna. Verifique se o gás portador está fluindo através da coluna.
AVISO! Não permita que o hidrogênio flua para um MSD que não esteja ligado e em vácuo.
Evite o contato entre os solventes e anéis o-ring. Não aqueça anéis o-ring ou outras peças que contenham Teflon.