As impressões digitais contêm hidrocarbonetos que podem aparecer em espectros de massa. A contaminação por impressões digitais é caracterizada por uma série de picos de massa separados por 14 m/z entre si. A abundância desses picos diminui com o aumento da massa do pico. A contaminação por impressão digital geralmente é causada pela falta de uso de luvas limpas durante a limpeza da fonte de íons ou na manutenção da entrada do GC. Dedique um cuidado especial para evitar que as peças fiquem contaminadas novamente após a limpeza.