O MSD possui três zonas aquecidas:
Fonte de íons (Source ou MS Source no software)
Filtro de massa (Quad ou MS Quad no software)
Interface GC/MSD (Thermal Aux 2 no software)
Cada uma dessas zonas aquecidas possui um sensor de temperatura e um cartucho de aquecedor. Os aquecedores do filtro de massa e da fonte de íons são alimentados e controlados pelo MSD. A interface GC/MSD é alimentada e controlada pelo GC.