O software de controle do instrumento do Agilent Micro GC permite especificar parâmetros de controle do instrumento que se tornam parte do método. Os parâmetros são executados em tempo real quando amostras são adquiridas com o uso do sistema de dados. Antes de usar o Micro GC, é necessário configurá-lo primeiro para definir as opções instaladas e depois criar um método de controle do instrumento.