自动调谐可将所有 MS 参数调整至预定的目标值。它可以完成以下操作：查找质量峰、获得足够的响应值和分辨率、优化 3 个质量数的响应值、优化其他质量的响应值和分辨率，以及获得精确的质量分配。
初次设置 MS 系统，重新安装或升级采集软件以及在 MS 中执行维护时，需要进行自动调谐。
PFTBA（全氟三丁胺）用作所有 GC/MS EI 模式自动调谐的调谐化合物。EI 模式中的自动调谐通常使用质量 69、219 和 502 调整分析器元件中的参数。可将 PFTBA 中的任何离子（如果丰度足够）用于调谐。这样可对 MS 进行调谐，以针对特定离子进行优化。
自动调谐或快速调谐所产生的参数将保存在调谐日志文件中。