在痕量分析中，低含量化合物必须在存在大量干扰基质的情况下进行分析。通过使用多色谱柱技术可以改善色谱图。可以从短色谱柱洗脱整个样品以进行初步分离，并且只有包含相关峰的馏分可以传输到长色谱柱以进行分离。第一个色谱柱被称为净化色谱柱或预柱，第二个色谱柱被称为分析柱。
在色谱柱切换中，较大容量的样品被注入短分析柱中。早期洗脱目标痕量成份将传输到第二个更长的分析柱中，该色谱柱具有将痕量成份从任何早期洗脱干扰中分离出来的分解能力。这些成份将驻留在第二个色谱柱的顶部，色谱柱切换阀将被打开以便将稍后从第一个色谱柱洗脱出来的成份直接分流到检测器。这些化合物通过检测器以后，流量将再次通过第二个色谱柱分流，并且可以对痕量成份进行分析。