色谱柱反冲用于在分析完目标成份后将难以清除的成份从色谱柱的顶部移除。样品从色谱柱的顶部进样，在洗脱出目标溶质后，将使用切换阀来使洗脱液倒流，以便使洗脱液从色谱柱的底部向顶部流动，最终到达废液。这样做可以将难以清除的成份迅速从色谱柱的顶部移除。