只有在仪器是 Agilent 61xxC（例如，6125C 或 6135C）时该选项才可用。
自动调谐程序在整个质量范围内对 MS 进行调谐以获得良好性能。该程序适用于许多应用程序，无需再使用其他程序。在下列情况下，可能要考虑对 MS 进行手动调谐：
为达到最大灵敏度必须牺牲部分分辨率时
要专门对极低限度的质量范围 (< 150 amu) 进行调谐时
要使用标准调谐液以外的化合物进行调谐时
通过手动调谐，可以通过一次调整一个参数来调谐 SQ，直到获得所需的性能。
ESI、APCI/APPI 和 MM-ESI+APCI 不需要单独的调谐。调谐包括调整控制离子传输的参数。这些部分不知道，也不关心这些离子的生成方式。在电喷雾模式下创建的调谐文件通常将为 APCI/APPI 样品提供良好的结果。反之亦然。
正负电离需要单独的调谐。有时，必须对 MS 进行两次调谐，一次使用正离子，另一次使用负离子。两次调谐可使用相同调谐文件名保存；软件会单独保留正离子和负离子设置。可以分别对正离子和负离子的设置进行更新。
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