シーケンステーブルでターゲット質量を指定することで、メソッドの SIM イオンをオーバーライドする（メソッドのパラメータよりシーケンスでの設定を優先させる）ことができます。［SQ:SIM 質量］列にオーバーライドする SIM イオンを入力します。
オーバーライドする SIM イオンの指定と、質量がどのように変更されるかには、一連のルールがあります。"xxx;xxx;xxx" のようなパターンを使用して、シーケンステーブルに質量の文字列を入力します。"xxx" は質量です。これらの入力は、まず、ルールに従って検証されます。検証に合格すると、質量オーバーライドが SIM イオンに適用されます。
オーバーライド質量：101; -201
| SIM イオン | ゲイン | 極性 |
| SIM 1 | 0.1 | + |
| SIM 2 | 0.1 | - |
| SIM 3 | 1.1 | + |
| SIM 4 | 1.1 | - |
| SIM 5 | 2.2 | + |
| SIM 6 | 2.2 | - |
ポジティブへのオーバーライド：101
ネガティブへのオーバーライド：201
| SIM イオン | ゲイン | 極性 |
| SIM 1 | 0.1 | + |
| SIM 3 | 1.1 | + |
| SIM 5 | 2.2 | + |
| SIM 2 | 0.1 | - |
| SIM 4 | 1.1 | - |
| SIM 6 | 2.2 | - |
| SIM イオン | 質量 | ゲイン | 極性 |
| SIM 1 | 101 | 0.1 | + |
| SIM 3 | 101 | 1.1 | + |
| SIM 5 | 101 | 2.2 | + |
| SIM 2 | 201 | 0.1 | - |
| SIM 4 | 201 | 1.1 | - |
| SIM 6 | 201 | 2.2 | - |
オーバーライド質量：101; -201, 301
| SIM イオン | ゲイン | 極性 |
| SIM 1 | 0.1 | + |
| SIM 2 | 2.2 | - |
| SIM 3 | 1.1 | - |
| SIM 4 | 0.1 | + |
ポジティブへのオーバーライド：101; 301
ネガティブへのオーバーライド：201
| SIM イオン | ゲイン | 極性 |
| SIM 1 | 0.1 | + |
| SIM 4 | 0.1 | + |
| SIM 3 | 1.1 | - |
| SIM 2 | 2.2 | - |
| SIM イオン | 質量 | ゲイン | 極性 |
| SIM 1 | 101 | 0.1 | + |
| SIM 4 | 301 | 0.1 | + |
| SIM 3 | 201 | 1.1 | - |
| SIM 2 | 201 | 2.2 | - |
オーバーライド質量：101; -201, 301
| SIM イオン | ゲイン | 極性 |
| SIM 1 | 0.1 | + |
| SIM 2 | 2.2 | - |
| SIM 3 | 1.1 | - |
| SIM 4 | 0.1 | + |
ポジティブへのオーバーライド：101
ネガティブへのオーバーライド：201
| SIM イオン | ゲイン | 極性 |
| SIM 1 | 0.1 | + |
| SIM 4 | 0.1 | + |
| SIM 3 | 1.1 | - |
| SIM 2 | 2.2 | - |
オリジナルメソッドにはゲイン 0.1 のポジティブ SIM イオンが 2 個あるが、ポジティブのオーバーライド質量は 1 つしか指定してされていないため、オーバーライドは失敗します。ポジティブのオーバーライド質量を2つ指定する必要があります。
同じ極性の各ゲインごとに、質量オーバーライドの数と SIM イオンの数を一致させる必要があります。