Oligo Analysis Accelerator は、Agilent シングル四重極 LC/MSD 検出器を使って測定したデータの解析用に開発されています。これにより、LC/MS では、フルスキャン、プロファイルモードを許容可能な感度で実行でき、ピーク面積で 0.2 % 以上の定量限界を実現し、微量の不純物も定量できます。
準備
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機器を起動します。
標準条件と Harsh 条件を 1 つずつ、2 つの測定メソッドを準備します。推奨される LC と MSD のメソッドパラメータを以下に示します。
HPLC | 1260/1290 Infinity II または Infinity III |
カラム | Agilent AdvanceBio Oligonucleotide, 2.1 x 150 mm, 2.7 µm |
移動相 | A：10 % ACN、5 mM 酢酸トリエチルアンモニウム、1 µm EDTA B：80 % ACN、5 mM 酢酸トリエチルアンモニウム、1 µm EDTA |
流量 | 0.25 mL/min |
カラム温度 | 50 ℃ |
グラジエント | 45～80 % B、22 分 |
UV | 260 nm | バンド幅 4 nm Ref：400 nm| バンド幅 80 nm |
MSD | G6135C または G6170A |
データ保存 | フル、プロファイルモード |
イオン源 | ESI |
ドライガス流量 | 12.0 L/min（標準） 13.0 L/min（Harsh） |
ドライガス温度 | 260 ℃（標準） 350 ℃（Harsh） |
ネブライザ圧力 | 25 psig |
キャピラリー電圧 | 4000 V |
モード | ネガティブ |
スキャン | FLP、-350 ～ +150 m/z 例: 1728.1 の場合、m/z 1820-2320、プロファイル |
スキャン時間 | 1149 ms（標準） 975 ms（Harsh） |
フラグメンター | 100 V |
ゲイン係数 | 2 |
多少の変更は許容されますが、堅牢でで再現性の良い結果を得るには、以下は非常に重要です。
多くのオリゴ分析メソッドでは Agilent Jet Stream イオン源を使用していますが、標準 ESI を用いることにより、イオン源内で発生するフラグメントを許容可能なレベルに保つことができます。
イオン源内のフラグメントを最適化し、脱塩基または脱プリン化不純物を最小限に抑えます。最適化には、イオン源温度（通常 250-260 ℃、標準 MS 条件）およびフラグメンタ電圧 (100-150 V) の設定が含まれます。
金属付加を減らすため、Agilent 1290 Infinity II/III Bio LC などバイオイナートシステムを使うことが推奨されます。これは、他の既知の不純物（鉄 (Fe+) や CNET (N3-(2cyanoethyl)thymine) など）とスペクトルが重なる可能性のある付加の場合、特に重要です。
酢酸トリエチルアンモニウムは 4 電荷の状態を優勢に保つため、推奨されるイオンペア試薬です。
UV 検出器による光酸化が発生しないようにします。この現象は、ダイオードアレイ検出器で生じる場合があります。
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