JetClean プロセスでは、フィラメントが電子を放出している間に極微量の水素ガスをイオン源に導入することで、反応性の高い水素イオン種を生成します。このプロセスを実行することで、条件と汚染の性質に応じて、イオン源から汚染が除去されます。その結果：
ただし、時間の経過に伴い、反応性の低い汚染物質はイオン源の光学系に蓄積していくので、JetClean プロセスを行ってもイオン源を手動でクリーニングする必要は発生します。しかし、JetClean プロセスを使用することにより、このマニュアル処理の頻度をはるかに少なくすることができます。