オートチューニングでは、すべての MS パラメータをあらかじめ決められた目標値に調整します。オートチューニングでは、質量ピークの検索、適切なレスポンスと分解能の取得、3つの質量のレスポンスの最適化、他の質量のレスポンスと分解能の最適化、正確な質量割り当ての調整を行います。
最初に MS システムをセットアップしたとき、測定ソフトウェアを再インストールまたはアップグレードしたとき、および MS のメンテナンス実施後にはオートチューニングを行なう必要があります。
PFTBA （perfluorotributylamine）が、すべての GC/MS EI モードのオートチューニング用のチューニング化合物として使用されます。EI モードのオートチューニングでは、通常、質量 69、219、および 502 を使用してアナライザのパラメータを調整します。PFTBA 内のどのようなイオンでも（アバンダンスが十分な場合）、チューニングに使用できます。したがって、特定のイオンに最適になるように MS をチューニングできます。
オートチューニングまたはクイックチューニングから生成されるパラメータはチューニングログファイルに保存されます。